理论与计算化学：

与吉林大学理论化学研究所、大连化物所相关课题组合作，利用分子动力学模拟、马尔可夫态模型、自由能计算等手段，从原子层面探究溶液中的化学与动力学过程、生物大分子构象变化、配体-受体结合等。

1.  J. Phys. Chem. B, 2018, 122(5). （二氧化碳在碳酸饮料中扩散）

2.  Anal. Chem., 2021, 93(30), 10653-10660.（蛋白质构象变化）

3.  ACS Appl. Mater. Interfaces, 2023, 15(14), 17592-17600.（糖肽识别）

4. Ji Lv, et al. Light-Induced Dimerization Tendency by Molecular Dynamics Simulations and Markov State Models. To be submitted.（蛋白质构象变化）

生物信息学：

与吉林大学、四川大学相关课题组合作，利用复杂网络、机器学习、深度学习、随机块模型等手段，从分子层面识别新型抗菌小分子、药物组合、抗菌肽、佐剂等。

1. Biosaf. Health, 2021, 03(1): 22-31.（人工智能在抗菌耐药中的应用）

2. Briefings Bioinf., 2022, 23(5), bbac309.（抗菌药物组合的数据库、算法与工具）

3. Comput. Biol. Med., 2023, 162, 107088.（聚类药物相互作用网络）

4. J. Chem. Inf. Modeling, 2023, 63(15), 4970-4978.（聚类药物相互作用网络）

5. Quant. Biol., 2024, 12(2), 164-172.（聚类药物相互作用网络）

6. Front. Pharm., 2022, 13: 849006.（基于网络药理学的抗生素组合预测模型）

7. Front. Pharm., 2022, 13: 869983.（抗生素组合数据库）

8. IEEE/ACM Trans. Comput. Biol. Bioinfor., 2023, 20(5), 2827-2836.（抗生素-佐剂组合数据库，基于网络药理学的抗生素-佐剂组合预测模型）

医学信息学：

与徐州医科大学附属医院急诊医学科合作，利用自然语言处理、数据挖掘、机器学习等技术，从人群队列层面挖掘电子病例信息。

1. Int. J. Med. Inf., 2023, 174, 105050.（中风复发）

2. Front. Physiol., 2023, 14, 1188502.（HER2+乳腺癌）